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澳大利亞科學(xué)家發(fā)明“拼寫(xiě)檢查”基因序列新方法

時(shí)間:2012-6-18閱讀:599
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澳大利亞科學(xué)家發(fā)明“拼寫(xiě)檢查”基因序列新方法

澳大利亞昆士蘭大學(xué)的科學(xué)家發(fā)明一種快速,可靠,簡(jiǎn)便的糾錯(cuò)方法,可如同計(jì)算機(jī)檢查文字拼寫(xiě)錯(cuò)誤那樣,發(fā)現(xiàn)基因測(cè)序過(guò)程中產(chǎn)生的擴(kuò)增序列DNA代碼錯(cuò)誤。這項(xiàng)成果發(fā)表在今年5月出版的《自然》旗下子刊《自然方法學(xué)》Nature Methods上。

新方法編制的軟件稱(chēng)為“刺槐(Acacia)”,特別適用于分析微生物基因的重要片段——擴(kuò)增子。基因測(cè)序儀閱讀DNA堿基代碼的四個(gè)字母表:As,Cs,Ts和Gs,并拼寫(xiě)出不同生物體的基因后,“刺槐”軟件分析輸出結(jié)果。“刺槐”通過(guò)使用似然性的統(tǒng)計(jì)理論分析DNA的特定堿基序列,而這些堿基常常在基因測(cè)序中被錯(cuò)誤地添加或刪除。該方法集成了計(jì)算機(jī)科學(xué),統(tǒng)計(jì)學(xué)和生物學(xué),屬生物信息學(xué)范疇。

當(dāng)前,冗長(zhǎng)的A,C,G,T代碼引起的機(jī)器錯(cuò)誤常常導(dǎo)致生物學(xué)家們誤解基因的種類(lèi),誤解諸如來(lái)自污水處理廠、海洋、甚至我們的腸道樣本中可能存在的微生物種類(lèi)。為此,科學(xué)家們主要使用雙誤差校正軟件進(jìn)行校正。同這些工具相比,“刺槐”不僅具有明顯的優(yōu)勢(shì),而且便于使用。

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